اهالی روستای کمجان از همان روزهای اولی که گردوخاک را بر برگ‌برگ درختان روستا و باغ‌ها دیدند، دل‌نگران نابود شدن سرزمین آبا و اجدادی روستایشان، کمجان (از توابع شهرستان نطنز) شدند. روستاییان و باغداران از همان سالی که شاهد خشک شدن تدریجی باغ‌ها ودرختان و زمین‌های زراعی بودند، زبان به گلایه باز کردند و به مسئولان حفاظت محیط زیست و ادارات و سازمان‌های مسؤول شکایت بردند.
آنها بارها و بارها گفتند که احداث و راه‌اندازی معادن سنگ تراورتن عامل اصلی خشک‌شدن و مزارع و درختان روستا است، اما نامه‌نگاری‌هایشان از ۱۳۸۵ تا امروز راه به جایی نبرده است.
یکی از این معادن در فاصله سه کیلومتری روستا قرار گرفته و با باغ‌ها و زمین‌های زراعی کمتر از صد متر فاصله دارد، معدن دیگر در فاصله ۷۰۰ متری خانه‌های روستا قرار گرفته. اهالی روستا بارها به مسؤولان شکایت برده‌اند اما این تلاش‌ها بی‌ثمر بوده.
فاطمه قاسمی، فعال محیط زیست و از اهالی این روستا می‌گوید: «آب روستا از هفت قنات تأمین می‌شود. جاده احداث‌شده برای تردد ماشین‌های سنگ‌بُر از روی قنات روستا و حریم آن عبور کرده و همین باعث شده که دیواره قنات در حالی که مقنی داخل قنات بوده، ریزش کند.»
این طور که اهالی شهادت می‌دهند با توجه به طولانی بودن قنات و تردد شبانه‌روزی خودروهای سنگین نابودی قنات امری قطعی است. اداره محیط زیست منطقه در سال‌های ۸۶ و ۸۷ سه بار درباره این وضعیت به مسؤولان اخطارداده و تأکید کرده که در صورت ادامه این روند کار به تعطیلی معادن خواهد انجامید که البته این اخطارها تاکنون اثربخش نبوده است.
اهالی روستا می‌گویند این معادن که در جنوب غربی روستای کمجان قرار دارد از قدیم‌الایام و طبق سند رسمی جزء لاینفک مرتع دام‌های روستا بوده و چشمه‌های آب هم دارای شماره ثبتی ۱۷۵ و متعلق به اهالی است. جاده‌هایی هم که خودروهای سنگین در آن تردد می‌کنند قسمتی از مراتع روستا بوده و بدون مجوز مرتع‌داران و اهالی کمجان احداث شده است.
فاطمه قاسمی که خودش از جمله کسانی است که نامه‌به‌دست کوشیده تا این بحران روستا را حل کند، می‌گوید وقتی اهالی روستا متوجه شدند که معدن‌داران و مسؤولان به تذکرات کتبی و شفاهی و شکواییه‌های مردم بی‌توجه هستند، مجبور شده‌اند که از تردد ماشین و تریلرها جلوگیری کنند اما در نهایت اثربخش نبوده است.
مهر ۱۳۸۵، سرپرست اداره حفاظت محیط زیست نطنز در نامه‌ای خطاب به متصدیان معادن روستای کمجان یادآوری کرده که گرد و غبار ناشی از حمل‌ونقل خودروهای سبک و سنگین، تریلرها حامل سنگ در جاده‌ی خاکی نزدیک سکونت‌گاه و باغات روستای کمجان موجب آزار و اذیت اهالی و آسیب به باغات و درختان شده است.
سرپرست اداره حفاظت محیط‌زیست در شهریور ۱۳۸۷ هم اخطاریه دیگری خطاب به مسؤول معدن تراورتن واقع در مزرعه کروند نوشته و دوباره تأکید کرده که گزارش بازدید‌های مکرر کارشناسان این اداره حاکی از آن است که گرد و غبار ناشی از فعالیت معدن باعث آزار مردم شده و به باغات آسیب رسانده. در این نامه مهلتی یک‌ماهه به مسؤول معدن داده شده تا به رفع مشکلات اقدام کند «در غیر این صورت بر اساس ماده ۱۶ نحوه‌ی جلوگیری از آلودگی هوا نسبت به تعطیلی واحد اقدام و همچنین بر اساس ماده‌ی ۶۸۸ قانون مجازات اسلامی با مسؤول واحد برخورد قانونی خواهد شد.»
مدیر جهاد کشاورزی شهرستان نطنز هم شکایت اهالی روستای کمجان را به پاسگاه انتظامی برزویه اینگونه مطرح کرده که گرد و خاک ناشی از تردد تریلرها روی سطح درختان باعث ریزش برگ‌ها شده و هر چه فاصله تردد کمتر بوده، خسارات بیشتر است. این امر چون باعث اختلال در عمل فتوسنتز درختان شده، بعید نیست در چند سال متوالی باعث خشکید‌گی کامل درختان شود.
فاطمه قاسمی می‌گوید: «لوله‌کشی غیرمجاز آب مرتع‌داران روستا به محل اسکان کارگران معدن و خودداری از حق‌الانتفاع آن به صاحبان حق از تخلفات و مزاحمت‌هایی است که ایجاد شده. همچنین ضایعات معدن که باید طبق قوانین تا خاتمه‌ی بهره‌برداری در عرصه‌ی عملیاتی معدن نگهداری شود، برخلاف مقررات به عمق دره‌ای خارج از عرصه‌ی عملیاتی تخلیه می‌شود که مسیر سیل‌های موسمی کوهستانی بالادستی است و به محض هجوم سیل این باطله‌ها که هزاران تن است به داخل بافت مسکونی روستا و باغ‌ها در پایین دست خواهد ریخت و خسارات فراوانی را به وجود خواهد آورد. از سوی دیگر برای آسان‌کردن تردد خودروهای معدن، دیواره سیل برگردان هشتاد ساله روستا در جنوب شرقی منازل مسکونی تخریب و تسطیح شده که بافت با ارزش روستا را در معرض تخریب ناشی از سیل‌های موسمی قرار داده است.
با وجود این مشکلات، اهالی روستای کمجان امیدوارند که با اقدام مسؤولان محیط زیست و میراث فرهنگی جلوی خشک شدن بیشتر این مراتع و درختان این روستا گرفته شود.